Problemem w wykorzystaniu neuronawigacji w tej dziedzinie jest ruchomość segmentów kręgosłupa względem siebie. Utrudnia to przenoszenie obrazów do rzeczywistej przestrzeni operacyjnej. Problemem w wykorzystaniu neuronawigacji w tej dziedzinie jest ruchomość segmentów kręgosłupa względem siebie. Utrudnia to przenoszenie obrazów do rzeczywistej przestrzeni operacyjnej. Dlatego używa się zwykle neuronawigację w obszarze pojedynczego segmentu, któremu odpowiada jeden krąg. Metoda neuronawigacji jest szczególnie pomocna w zabiegach stabilizacji kręgosłupa. Wybranie właściwego toru dla śruby jest trudne, a błędy mogą prowadzić do poważnych powikłań. Z tych powodów uznano w niektórych krajach stosowanie neuronawigacji w zabiegach stabilizacji kręgosłupa za standard postępowania